В качестве путеводителя рекомендую использовать Помощник по развертыванию Microsoft Exchange Server. Очень годное руководство — отвечаете на вопросы, получаете рецепт со всеми командами. Миграция заняла около 18 часов с учетом обновления схемы, подготовки домена и удаления из схемы не функционирующих Exchange 2007 и Exchange 2013 ( да, была попытка обновиться, но лень взяла своё — не стал).

Внимательно отнеситесь к сертификатам — как всегда Exchange к ним очень чувствителен.